故事设定在迷你特工队赶走了宇宙海盗团之后，地球迎来了全新的敌人——怪诞博士。怪诞博士观察到人们身边有许多不被善待的小事物（如，被踢的垃圾桶，被暴力拍击的娃娃机，等等），他利用邪恶能量将它们变成 大怪物，向人类复仇。面对重重危机，迷你特工队员们带着新的恐龙伙伴，装备新的 ，新的机甲，重新出发！这套书中怪物们变得有血有肉，迷你特工队也在打败一个个怪物的过程中实现自我成长。故事走了“务实”的教育路线，包含许多对不文明行为的反思，告诉孩子要善待自然万物，与万物和谐相处，充满积极的正能量。